Les tecnologies genòmiques com el arrays de DNA i la ultraseqüenciació permeten mesurar en paral.lel els RNAs produïts per centenars de milers de gens. Si bé els microarrays s’han establert com una tècnica de rutina, tenen els seus deavantatges pel que fa a reproduïbilitat i sensibilitat. Això és degut a diferències en les propietats de les sondes de cada microarrayi a la reacció creauada entre diferents gens. La ultraseqüenciació o seqüenciació de ‘propera generació’ permet en teoria superar algunes de les limitacions dels microarrays tot recollint la infromació de la seqüència alhora que se’n fa una mesura quantitativa. Queda per veure fins a quin punt la ultraseqüenciació podrà ser el nou estandard per a estudis d’expressió gèncica, i quins seràn alhora els seus biaixos i limitacions. Hem presentat un estudi comparatiu entre plataformes de microarrays (Agilent, Illumina, Operon i Febit) i plataformes de ultraseqüenciació (Solexa) fent servir mostres de referència obtingudes de cèlulules HeLa tractades amb EGF. Amb els resultats preliminars ja s’ha pogut copsar la gran variabilitat tècnica entre plataformes de microarrays. El mateix estudi s’ha plantejat per a estudis de miRNAs amb les plataformes Exiqon, Agilent i Taqman comparades amb Solexa, i aqui la variació és encara més gran molt probablement deguta a que les sondes adrecen diferents subconjunts de productes precursors i madurs. Cal optimitzar els protocols d’anàlisi de dades de ultraseqüenciació abans de poder fer la comparativa i també ens fa falta també millorar l’anotació de totes les sondes de les microarrays i del genoma de referència. En darrer terme volem adreçar la pregunta de si les dues tecnologies podran coexistir al menys durant un temps i es podran complementar.