La secuenciación del metagenoma o microbioma -el mapa de genes de todas las bacterias humanas- podrá ayudar a diseñar una herramienta que permita medir fácilmente la flora intestinal bacteriana de una persona, lo que hoy no es posible; y también mejorar la respuesta a los tratamientos al conocer el perfil bacteriano de un paciente con enfermedad de Crohn o colitis ulcerosa, ha explicado Francisco Guarner, jefe clínico del Servicio de Digestivo del Hospital Universitario del Valle de Hebrón, de Barcelona.

Esta secuenciación será posible gracias a MetaHIT, un ambicioso proyecto financiado con 11,4 millones de euros por el VII Programa Marco de la Unión Europea para descifrar el mapa microbiano humano. El proyecto forma parte del International Human Microbiome Consortium, cuyo objetivo es investigar el papel del microbioma en la enfermedad y la salud.

Y este consorcio, a su vez, se divide en dos ramas: la norteamericana, en la que participan los Institutos Nacionales de Salud (NIH), para estudiar la flora microbiana de la cavidad bucal; y la europea, que estudiará la flora bacteriana inestinal. En esta rama intervienen los trece centros que integran el consorcio MetaHIT (ver cuadro), de los cuales los únicos representantes españoles son el Instituto de Investigación del Hospital Universitario del Valle Hebrón y la empresa UCB Pharma.

Tras su primer año de funcionamiento, los expertos de MetaHIT se reúnen por primera vez en Gavà (Barcelona).

La secuenciación del genoma humano desveló que consta de unos 30.000 genes. En el caso de la secuenciación del microbioma se estima que podría haber unos cuatro millones de genes, lo que va a implicar un esfuerzo ingente de análisis bioinformáticos y de secuenciación en el que van a participar el European Molecular Biology Laboratory, de Heidelberg, y el Barcelona Supercomputing Center.

Los procedimientos
Para ello se van a emplear tres procedimientos de secuenciación: el del Instituto Sanger, que ya estuvo implicado en la secuenciación del genoma humano, y Genoscope, cuyo sistema es el clásico, costoso y largo, pero también más preciso; el Solexa, un procedimiento que analiza los fragmentos más cortos de los genes, pero con el que se gana en rapidez (apareció tras la secuenciación del genoma humano y lo aplican centros daneses), y el método de la pirosecuenciación, que es el más moderno y rápido (se puede secuenciar el genoma completo de una bacteria en una noche), según Guarner.

Todos los datos del microbioma se incluirán en bases de datos asequibles para científicos de todo el mundo: la americana dbGaP (Data Base Genotypes and Phenotypes) y la europea del EBI (European Bioinformatics Institute), en Londres.

Los proyectos
Entre los proyectos que garantizarán la transferencia de conocimientos figuran un estudio descriptivo, consistente en varias tomas de muestras de heces de 12 pacientes con Crohn y 20 con colitis ulcerosa, así como de sus familiares, para analizar la composición de su flora. Asimismo, están previstos varios estudios de intervención. Uno de ellos, con Danone, consistirá en administrar un probiótico, la bifidobacteria DN173, a pacientes con colitis ulcerosa en remisión; otro, en tratar a los enfermos de Crohn con un fármaco biológico, el anti-TNF infliximab, para valorar su flora intestinal según respondan o no a este agente; y el tercero, con Novo Nordisk Steno Diabetes Centre, buscará identificar qué parte de la flora bacteriana intestinal contribuye a recuperar la energía e influye en la obesidad, con la inclusión de obesos mórbidos, personas con sobrepeso y controles, según Elena Borruel y Francesc Casellas, adjuntos del Servicio de Digestivo del Valle de Hebrón.

Una unidad con diez años
La participación del grupo del Valle de Hebrón en el MetaHIT guarda una estrecha relación con la puesta en marcha de la Unidad de Crohn y Colitis Ulcerosa del centro, que este año cumple una década y que se ha convertido en un recurso asistencial de referencia (http://www.ua-cc.org). Esta unidad fue pionera en España desde el punto de vista conceptual. Según ha explicado Francesc Casellas, el modelo de esta unidad se basa en la atención integral al paciente y en la interactividad con éste. Para ello, la unidad cuenta con médicos especialistas, está en contacto con otros servicios del hospital (Cirugía, Reumatología, Dermatología, Consultas Externas y Urgencias) y dispone de una enfermera especializada que atiende las dudas de los pacientes y sus familiares. Además, se procura que la atención sea lo más inmediata posible (vía e-mail o telefónica). La unidad controla a 2.000 pacientes con Crohn y colitis ulcerosa y ha inspirado la creación de otras doce en España, que forman parte de la Red Nacional de Atención Crohn Colitis.