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Plataforma de Genómica
Servicio de PCR Cuantitativa en Tiempo Real (RT-QPCR)


El servicio de RT-QPCR de la UCTS dispone de los Sistemas de detección de Secuencia (SDS) 7000 y 7900HT de la empresa Applied Biosystems.

El SDS 7000 incluye:

1.      Termociclador:  con un bloque de 96 pocillos; sistema de calentamiento basado en “Peltier”; como fuente de excitación dispone de una bombilla halógena de Tungsteno; la detección uc4.jpgde la fluorescencia se realiza mediante filtros de emisión optimizados para el uso de los fluorocromos FAM. NED, ROX, SYBR, TAMRA y VIC.
2.      Ordenador Portatil PC Pentium III.
3.      Softwares: ABI PRISM 7000 SDS versión 1.1 RQ para  la recogida y análisis de datos de fluorescencia; PRIMER EXPRESS, para el diseño óptimo de cebadores y sondas.
4.      Impresora Epson Stylus color 980.

El SDS 7900HT incluye:

1.      Termociclador intercambiable, con bloque de 384 pocillos o bloque para targetas microfluídicas; sistema de calentamiento basado en “Peltier”; como  fuente de excitación dispone de laser de argón; la detección de la fluorescencia se realiza mediante filtros de emisión optimizados para el uso de los fluorocromos FAM. NED, ROX, SYBR, TAMRA y VIC.
2.      Ordenador PC Pentium®.
3.      Dos lectores de codigos de barras.
4.      Un sellador de targetas microfluídicas.
5.      Softwares: ABI PRISM 7900HT SDS versión 2.2 para la recogida y análisis de datos de fluorescencia; PRIMER EXPRESS, para el diseño óptimo de cebadores y sondas.
6.       Impresora hp deskjet 6122.


Aplicaciones del equipo
1.      Estudios de cuantificación absoluta o relativa de perfiles transcripcionales.
2.      Análisis del número de copias de un gen en DNAs genómicos o virales.
3.      Estudios de discriminación alélica (SNPs) (detección de polimorfismos a nivel de nucleótidos).
4.      Ensayos de detección e identificación de patógenos.

Además, el servicio de RT-QPCR  de la UCTS actualmente realiza, a petición del usuario, otras técnicas asociadas y complementarias a la PCR cuantitativa a Tiempo Real:

1.      Análisis de la calidad del RNA.
2.      Asesoramiento en el diseño de cebadores y sondas mediante  PRIMER EXPRESS.
3.      Análisis e interpretación de datos de la reacción de RT-QPCR.

icono_masinfo.gif Relación de precios de este servicio.

Para más información con respecto a la preparación de muestras, o protocolos específicos, o si se desea poner a punto una técnica en particular, por favor contactar con: pcr@ir.vhebron.net    y/o teléfono 93 489 4178

Técnico responsable: Francisca Gallego

Servicio de Análisis de Expresión Génica mediante Microarrays de Affymetrix

 

En la UCTS desde sus inicios se ha apostado por la plataforma de microarrays basada en tecnología de Affymetrix que está en permanente desarrollo y actualizada en base a  las necesidades científicas más actuales de los investigadores. La plataforma de microarrays de la UCTS dispone del siguiente equipamiento:

1- Sistema GeneChip® de Affymeytrix que incluye:


ucts5.jpg

a)      Horno de hibridación con eje rotatorio modelo 640.
b)      Dos estaciones de fluidos modelo 450.
c)      Scanner 3000 7G con estación de trabajo y cargador automático de arrays.
c)      Herramientas informáticas de Minería de Datos (Data Mining Tool de Affymetrix).




 

 

 

 



 2-  ¡¡¡ NUEVO !!!  Sistema GeneTitan® de Affymeytrix que

genetitan.jpg

Permite el procesamiento automatizado de los microarrays desde la hibridación hasta el escaneo en formato de placa de 16, 24 y 96 muestras a la vez.

Servicio que se ofrece

Nota: La obtención de ARN total la realizará el cliente. Se recomienda utilizar el RNAeasy minikit (Qiagen) y el seguimiento exacto de su protocolo de uso. Los ARNs deberían ser enviados en hielo seco utilizando un servicio de mensajería.

Una vez recibidas las muestras, el servicio de Microarrays de Affymetrix de la UCTS llevará a término los siguientes pasos:

1.      Re-Análisis de la cantidad y calidad del ARN total recibido utilizando el Bioanalyzer de Agilent.
2.      Generación de cADN utilizando los kits Express Kit, WT Target Labeling (Affymetrix) o WT-Ovation Pico System (Nugen) dependiendo de la aplicación requerida y de la cantidad de ARN total recibida.
3.      Síntesis de la molécula adecuada (ARN, ADN) que se hibridará al chip utilizando el kit adecuado en cada caso. La calidad de la síntesis del cARN será analizada utilizando el Bioanalyzer de Agilent.
4.      Fragmentación de la molécula a hibridar. La eficacia de la fragmentación será analizada utilizando el Bioanalyzer de Agilent.
5.      Si la calidad de la molécula a hibridar es satisfactoria se procederá a la hibridación de la muestra con el GeneChip o la placa de interés (Affymetrix) y a su posterior escaneo.
6.         Los resultados serán enviados al cliente en un soporte informático. Si el cliente ha contratado el servicio de análisis bioestadístico los datos además se transmitirán directamente a este servicio



Además de este servicio, el servicio de Análisis de expresión génica ofrece asesoramiento sobre el diseño experimental para estudios de transcriptómica y análisis completo de los resultados.

También este servicio ofrece la posibilidad de resecuenciar el genoma mitocondrial humano completo usando los microarrays MitoChip de Affymetrix.


Relación de precios de este servicio

Para más información acerca de la preparación de muestras, o protocolos específicos, o si se desea poner a punto una técnica en particular, por favor contactar con: arrays@ir.vhebron.net  y/o teléfono 4179

Técnico responsable: Ricardo Gonzalo


Servicio de Secuenciación Automática




Los secuenciadores automáticos de los que dispone la UCTS són:

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Analizador Genético  ABI PRISM 310 de la empresa Applied Biosystems, compuesto por:

1.      Unidad de electroforesis capilar de 1 capilar
2.      Muestrador automático para placas de 48 pocillos
3.      Unidad de detección con cámara CCD y filtros virtuales de separación de la luz emitida.
4.      Unidad óptica con láser iónico de Ar.
5.      Ordenador PC Pentium® con los programas de captación de datos Collection v1.1, GeneMapper v3.0 y SeqScape 2.0 y los programas de análisis Sequencing Analysis v3.7  y GeneScan.



Analizador Genético ABI PRISM 3100 de la empresa Applied Biosystems, compuesto por:

1.     
Unidad de electroforesis capilar de 16 capilares
2.      Muestrador automático para placas de 96 y 384 pocillos
3.      Unidad de detección con cámara CCD y filtros virtuales de separación de la luz emitida
4.      Unidad óptica con láser iónico de Ar emisión de 488 y 514 nm.
5.      Ordenador PC Pentium® con los programas de captación de datos Collection v1.1, GeneMapper v3.0 y SeqScape 2.0 y  los programas de análisis Sequencing Analysis v3.7  y GeneScan.

Aplicaciones del equipo

1.      Secuenciación  de novo de secuencias de ADN de todo tipo: monocatenario, bicatenario, plásmidos, cósmidos, fagos, BACS, YACS, ADN mitocondrial y productos de PCR de cualquier tamaño.
2.      Análisis de fragmentos de ADN marcados con fluorescencia
3.      Análisis de microsatélites (STRs, VNTRs)
4.      Detección de mutaciones por cambio de movilidad (SSCP)
5.      Análisis de mutaciones puntuales (SNP)
6.      Cuantificación relativa como medida de expresión de mRNA o dosis génica (técnica de QFPCR para  detección de aneuplidias)

 


¡¡¡ NUEVO !!!  Además, este servicio ofrece la possibilidad de hacer la reacción de secuencia a partir de DNA plasmídico o producto de PCR y posterior purificación mediante el kit Montage SEQ96 Sequencing Reaction Cleanup de Millipore.

A continuación adjuntamos las condiciones necesarias de las muestras para traerlas a la UCTS


 


icono_masinfo.gif Relación de precios de este servicio

Para más información sobre preparación de muestras, protocolos específicos o si desea poner a punto una técnica en particular, por favor no dude en ponerse en contacto con: seq@ir.vhebron.net  y/o teléfono 4177

Técnico responsable: Rosa Arjona


Servicio de Bioanalyzer


uc9.jpg
El servicio de Bioanalyzer de la UCTS és:


1 Bioanalyzer de Agilent

Aplicaciones del equipo:

1.     Servicio de cuantificación y determinación de la calidad del ARN.
2.     Análisis, separación y cuantificación de fragmentos de ADN.

icono_masinfo.gif Relación de precios de este servicio

Para más información sobre  preparación de muestras, o protocolos específicos, o si se desea poner a punto una técnica en particular, por favor contactar con: array@ir.vhebron.net   y/o teléfono 93 489 4178

Técnicos responsables: Francisca Gallego y Ricardo Gonzalo


 


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