El servicio dispone del siguiente equipamiento:
Sistema de electroforésis bidimensional de proteínas, de la empresa Amersham BioSciences, constituido por dos unidades IPG-PHOR de isoelectroenfoque en gradiente inmobilizado de pH, y dos unidades de electroforésis DALT VI para geles de 26 x 20 cm.
Scanner y software de análisis de imagen Image Master Platinum (Amersham BioSciences), para geles de electroforésis bidimensional con tinción de plata o azul de Comassie.
Sistema DIGE (Differential gel electrophoresis, Amersham), para el análisis cuantitativo de perfiles de expresión de proteínas basado en el marcaje por fluorescencia, constituido por el scanner Typhoon 9400 para la obtención de imagenes de fluorescencia de geles de electroforesi 2D y el software DeCyder para el análisis cuantitativo de diferencias.
Robot Spot Picker (Amersham) para el cortado de manchas seleccionadas de geles de electroforesis 2D, compatible con métodos de tinción convencionales y con la tinción fluorescente para el sistema DIGE.
Robot Proteineer DP (Bruker), para la automatización del proceso de digestión proteolítica de proteínas en manchas de geles, y la preparación de muestras para espectrometría de masas MALDI.
Espectrómetro de masas MALDI-TOF/TOF Ultraflex (Bruker). Provisto de un laser de nitrógeno (337 nm), tubo de vuelo de 2,5 m, sistema AnchorChip de preparación de muestra, en placas formato microplaca de 384 posiciones. Dotado del sistema TOF/TOF LIFT que permite la obtención de espectros de fragmentación (MS/MS).
Sistema Ettan LC (Amersham) de cromatografia líquida a escala desde micro a analítica.
Sistema de nano-HPLC (LC Packings), provisto de sistema de vávulas para la realización automática de experimentos de cromatografía bidimensional, con acoplamiento directo al espectrómetro de masas ESI.
Espectrómetro de masas electrospray-trampa iónica Esquire HCT (Bruker), provisto de fuente para micro y nano ESI off-line y nano-ESI on-line para el acoplamiento del sistema de nano-HPLC.
Servicio que se ofrece
1. Electroforésis bidimensional: incluye la preparación de muestra, gel 2-D, tinción de plata o comassie coloidal y adquisición de imágenes. El análisis de imágenes con el software ImageMaster Platinum 5.0 (Amersham) se facturará según el tiempo requerido.
2. Electroforésis 2D diferencial cuantitativa con tinción fluorescente (DIGE): A través del marcaje con diferentes fluoróforos, este sistema permite la cuantificación precisa de diferencias entre muestras separadas de forma simultánea en un mismo gel 2D. Incluye la preparación de la muestra, marcaje con 3 fluoróforos distintos, gel 2-D, adquisición de imágenes y análisis automático con el software DeCyder (Amersham). El tiempo de análisis posterior necesario se facturará aparte.
3. Identificación de proteínas MALDI-TOF/TOF: A partir de bandas de gel suministradas por el solicitante, o de bandas cortadas de geles hechos en el Servicio (En éste caso, el precio incluye también el cortado automático de bandas. Incluye la digestión de la muestra, adquisición de espectro (huella peptídica) e identificación por búsqueda frente a la base de datos. En caso de identificaciones dudosas se incluirá también la adquisición de espectros de fragmentación (TOF/TOF) para corroborar la identificación.
4. Espectrometría de masas MALDI-TOF/TOF: Precio por espectro MS o MS-MS (TOF/TOF), o utilización del instrumento en autoservicio (usuarios autorizados).
5. Espectrometría ESI-MS/MS (trampa iónica) (BRUKER Esquire HCT): Análisis de secuencia - identificación a través de espectros MS-MS, ya sea off-line en acoplamiento a nanocromatografía líquida de fase reversa, para mezclas no muy complejas, o cromatografía bidimensional (Intercambio iónico - Fase Reversa). En éste último caso se facturará en función del número de fracciones (saltos de concentración salina) separadas en la primera dimensión (Intercambio iónico) que se analicen posteriormente por RP-LC-MS/MS. Los precios incluyen preparación de muestra, digestión y adquisición de espectros. Se facturará aparte el tiempo de análisis de resultados posterior.
Aplicaciones del equipo
1. Estudios de expresión diferencial de proteínas en muestras provenientes de línias celulares, tejidos, fluidos biológicos, etc (1,2,3,5)
2. Identificación de binding partners en complejos proteicos (3,5)
3. Estudio de modificaciones post-traduccionales (4,5)
4. Caracterización de proteínas, péptidos, carbohidratos y oligonucleótidos. Determinación de masa molecular, pureza, etc (4)
5. Estudios de biomarcadores: obtención de perfiles peptídicos a partir de fluidos biológicos o muestras de tejido (4)
Relación de precios de este servicio
Para más información sobre la preparación de muestras, protocolos específicos o si se desea poner a punto una técnica en particular, por favor contactar con: fcanals@ir.vhebron.net y/o extensión telefónica 4174
Técnico responsable: Francesc Canals